真空微波烘干设备的原理，微波能量为电磁波，频率高于一般电波频率。由于它具有波粒二象性，也就是粒子性和波动性两种特征，人们将其称为“微波”。
微波烘干设备的原理是利用电磁场在物体内部产生热效应。微波辐射强度达到一定值时，物体分子会发生摩擦发热现象，物体温度上升。
这种加热方式称为干式加热或非接触加热：另一方面，利用高频电场使水分子产生的热被传导供水的性质称为接触式加热或传导型电加热，材料在干燥室通过热风循环系统进行气、液、固三相流导过程。
在此过程中，水分和溶剂蒸汽的压力差使其从物料表面蒸发脱离，达到干燥的目的。材料在真空状态下与外部空气直接接触，吸收空气中的水分和湿气而迅速蒸发的水蒸气与气流一起进入冷凝系统冷凝，成为液体滴落到容器内。在整个干燥过程中不添加辅助燃料等，可以迅速且效率高的对产品进行干燥处理。
